En Novembre 1797, le H.M.S. Victory retourne en Grande Bretagne, dans le dock Chatham, son "Berceau", où il est désarmé et réduit au rôle peu glorieux de ponton-prison sur la rivière Medway. En 1799, l'Amirauté décide de le remettre une fois encore au service actif après réarmement.

Placé en cale sèche, le H.M.S. Victory est presque entièrement reconstruit [cf.] et lorsqu'en avril 1803, il est de nouveau armé, son aspect a beaucoup changé.

Le samedi 30 Juillet, le H.M.S. Victory arrive en Méditerranée, sous les ordres du capitaine Hardy et arbore les marques de l'amiral Lord Nelson. Le H.M.S. Victory participe à toutes les manoeuvres de la flotte anglaise en Méditerranée jusqu'à la mi-janvier 1805, époque où Nelson apprend que la flotte de Napoléon se trouve à la mer, alors que lui-même se trouve entre la Corse et la Sardaigne.
L'escadre britannique appareille donc et part à la recherche de la flotte française qu'elle trouve le 21 Octobre et qui se termine par la bataille de Trafalgar, qui oppose Lord Nelson à l'amiral français Pierre de Villeneuve.

	Au plus fort de la bataille de Trafalgar, le H.M.S. Victory se dégage du vaisseau français le Redoutable, qui vient de se rendre après une vaillante résistance.
C'est au cours de la bataille de Trafalgar que Nelson trouve la mort, mortellement blessé par la balle tirée par un marin français, installé sur la hune d'artimon du navire français le Redoutable.

Gravement endommagé pendant les combats, le H.M.S. Victory est remorqué jusqu'à Gibraltar et provisoirement réparé. Puis le vieux navire retourne à son lieu de naissance, Chatham, où il est désarmé pour subir le second grand carénage de sa longue carrière [cf.].